第一部《還珠格格之燕兒翩翩飛》 　　
混跡市井街頭的小燕子，和多才多藝的紫薇，偶然在京城相識相惜，然而命運弄人，假格格小燕子迷糊的進入皇宮成為“還珠格格”，真格格紫薇心碎的進入學士府，兩人陰錯陽差交換了身分。進宮後的小燕子，發現和自己在街頭打過一架的“洋鬼子”竟是宮廷畫師班傑明，小燕子擔心班傑明暴露她的真實身分，於是和班傑明在宮廷裏發生許多“貓捉老鼠”的趣事，班傑明也在這些“奇妙的交手”中，深深被小燕子獨特的魅力所吸引。 　　
和班傑明情同手足的五阿哥永琪，起先因射傷小燕子而深深內疚，接著發現小燕子是“假格格”而膽戰心驚，然後，又被小燕子各種特立獨行的行徑和意外弄得應接不暇。看到她坦率純真，敢說敢做，不斷挑戰皇宮陋規，不禁為她大大傾倒。於是，永琪和班傑明之間，展開了一場微妙的“君子之爭”。 　　
爾康知道紫薇的真實身份，但見紫薇有家歸不得，有父不能相認，不禁對紫薇心生愛憐，進而相知相許。從此，紫薇的世界，被深情的爾康填滿。　
爾康為了能與紫薇創建未來，忍痛將紫薇和她的丫頭金瑣，送進皇宮和小燕子作伴。小燕子與紫薇重逢後，在皇宮如虎添翼，兩人在宮裏連手制造許多的震撼，也經歷許多的“驚濤駭浪”和“水深火熱”。紫薇的領導能力和智慧，在此時完全發揮出來，常常完成一些“不可能的任務”。雖然完成時，都伴著淚水和傷痕。在漱芳齋中，陪伴著兩人一起哭一起笑的，還有被小燕子視為一家人的宮女太監——漱芳齋忠心耿耿的“四寶”及“二美”，當然還有和紫薇情同手足的金瑣！ 　　
宮外，和小燕子一起長大的柳青柳紅，在幾番周折後，也知道真假格格的秘密。班傑明、爾康常為紫薇和小燕子當信差，和柳青柳紅成為朋友。當乾隆越來越喜歡小燕子之後，還破例讓爾康把柳青柳紅帶進宮，給小燕子和紫薇帶來大大的驚喜。這往日的夥伴，和漱芳齋的眾人，也在宮內創造了一個讓整個宮廷震動的大驚喜，報答了乾隆，征服了晴兒，感動了太後，卻氣壞了皇後！ 　　
永琪的生母愉妃，是個善良敦厚，低調而認命的女人，她所有的希望，都寄托在永琪身上，當小燕子闖進永琪的生命，也等於闖進了愉妃的生命。小燕子雖把永琪當哥兒們，心無城府，卻很想讓愉妃喜歡自己，她的努力，在“小燕子式”的意外中，一次次的弄巧成拙。對於有佛心的太後，也是如此。唯獨太後身邊的晴格格，卻深深欣賞著漱芳齋裏兩位“奇女子”。 　　
小燕子從班傑明那兒，學習到“Surprise”一字的意義。從此迷上這個遊戲，常常制造“驚喜”給大家。但是，她的“驚喜”有時會變成“驚嚇”。這種驚喜和驚嚇，是漱芳齋輪番上演的美夢和惡夢。爾康、永琪、班傑明、爾泰四人，也在這些美夢和惡夢中，扮演著護花使者，經常弄得個個筋疲力盡，遍體鱗傷。卻也在這些“震撼”中，領略到人間最深刻的喜悅。 　　
於是，小燕子、紫薇和一群宮中的年輕人，他們在笑容與淚水的交織中，在權威與自由的矛盾中，在真情和至性的本能下，創造出一個又一個的奇跡。各種稀奇古怪，不可思議的故事，紛至沓來……組成了這部《燕兒翩翩飛》的傳奇。
第二部《還珠格格之風兒陣陣吹》 　　
為摸清紫薇的身份，太後特派晴兒與乾隆一行人微服出巡。行程中，晴兒意外邂逅了簫劍。永琪和小燕子幾經波折最終收獲愛情。蒙古公主塞婭相中了爾康，為了紫薇幸福，小燕子說出了紫薇的真實身世，乾隆大怒，小燕子與紫薇、金瑣入獄，爾康等人在簫劍的暗助下劫囚，但因不舍班傑明和爾泰扛罪，選擇回來面對乾隆。乾隆冷靜思量之後原諒了小燕子並認了紫薇。塞婭此時和爾泰兩情相悅，順利完婚。紫薇、小燕子等人幫助皇上的愛妃——香妃逃出了皇宮，乾隆大怒欲將紫薇和小燕子斬首，劫囚大行動再次展開，班傑明、永琪、爾康、簫劍、柳青、柳紅眾人一起開始了浪跡天涯的逃亡命運。
第三部《還珠格格之人兒何處歸》 　　
福爾康、永琪和班傑明劫囚，乾隆發動侍衛圍捕小燕子等人。在簫劍的領導下，小燕子等人一起邁入亡命天涯之途。紫薇在逃亡中，頭部受創而失明。歷經艱險大家終於重逢。爾康在與殺手搏鬥時受重傷，紫薇因爾康受傷眼睛奇跡般復明。簫劍帶著小燕子永琪班傑明到牧場務工，因與惡霸沖突引來追兵，眾人只好繼續往南陽逃亡。永琪難忍簫劍對小燕子的用心，迫使簫劍終於和小燕子相認。小燕子等人在南陽開了一家十全十美面館。乾隆親自到南陽欲迎接他們回宮，卻爆乾隆是小燕子的殺父仇人事端，乾隆特派專人調查厘清誤會。永琪因受愉妃召喚不得不與乾隆回宮，但小燕子卻和簫劍、班傑明回到大理。小燕子苦守與永琪的兩年約定，班傑明同樣苦守著落單的小燕子，直到永琪和小燕子重逢的那一天，班傑明留下祝福，悄然的離開。