戰國時代──以恐怖來統治天下最兇最惡的武將“牙鬼幻月”。
由“伊賀崎家”率領的一群忍者，經過激烈的戰鬥，打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”卻留下了不詳的預言… “444年後，我將變成妖怪復活再次以恐怖支配天下！”
時光流逝—— 終結忍者“伊賀崎好天”跟復活的妖怪“牙鬼幻月”決鬥，並成功將它封印。
時光再次流逝到了現代──“牙鬼幻月”的封印被解除， “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，這些妖怪們組成“牙鬼軍團”， 為了讓“牙鬼幻月”完全復活，妖怪們到處搜集人們的恐懼心，開始向人們展開襲擊！
緊急時刻，出現了5個年輕人。 他們正是伊賀崎家的末裔，也就是終結忍者?伊賀崎好天的孫子們！
“當忍則忍，可不忍則不忍！” 三代同堂，用火熱的“忍者心”（Nintality）以及各種異想天開的忍術來漂亮的擊退妖怪！
為了繼承祖父的“終結忍者”這個封號，也為了阻止妖怪軍團讓“牙鬼幻月”復活， 他們不僅不忍，還要大肆反擊！