《深藍》主要講述洛杉磯警察局臥底小組的故事。這些人「潛藏」得很深，以至於他們的很多同事根本不知道他們在幹臥底工作。Carter Shaw是該小組的行動負責人，但他經常和自己的上級鬧矛盾－－當然，他這也是為了自己的同事好，因為臥底工作實在太危險了。在第二季中，Carter Shaw將被迫接受FBI探員Alex Rice（Tricia Helfer）的「領導」，與FBI合作調查幾起重要案件。Alex的到來，也將使Carter的個人生活發生巨大改變。
臥底小組的其他成員包括：Ty Curtis，工作已經導致他和妻子的感情出現裂痕；Dean Bendis，行事魯莽，如果他不同意上級的命令，他會毫不猶豫地按照自己的想法去行動；Jaimie Allen，曾經當過巡警，很會掩飾自己的過去，Carter挑選她正是看中了她的這個「特點」。